Il film segue due figure centrali: Kurt Gerstein (Ulrich Tukur), un ufficiale delle SS testimone degli orrori dei campi di sterminio, e Riccardo Fontana (Mathieu Kassovitz), un giovane gesuita idealista. Insieme, cercano disperatamente di informare Papa Pio XII e le gerarchie ecclesiastiche sulle atrocità commesse contro gli ebrei, scontrandosi con un muro di silenzio, calcoli politici e indifferenza. "Amen." è una profonda riflessione sulla responsabilità morale, il coraggio individuale e le scelte difficili di fronte all'orrore indicibile.